司马懿害怕曹睿的原因有几个方面。首先，曹睿是曹魏的皇帝，他有权力决定司马懿的生死，拥有兵权和军队，司马懿不敢轻易对其违抗。其次，曹睿是曹操的儿子，有天子之尊，司马懿作为曹魏内部的重要官员，应当对曹家有忠诚之心，不敢妄图谋反。最后，曹睿是司马懿的表亲，因为他们的母亲是兄妹关系，司马懿对曹睿存有一定的敬畏之心，不愿反对他。
至于为何司马懿不反对曹丕，这与司马懿的政治智慧和现实利益有关。曹丕是司马懿的上司，早在曹丕登基之前，司马懿就已经担任重要职务，与曹丕有着密切的合作关系。曹丕即位后，司马懿继续担任要职，成为曹丕身边的重要谋士，两人维持着一种互利互惠的关系。此外，司马懿也看到曹丕治国有方，有一定的政治才能，不愿轻易与之对抗，以维护自身的地位和势力。综上所述，司马懿既因为曹睿的统治地位和权力而敬畏他，也因为曹丕的政治才能而选择继续与他合作。
司马懿阻止曹睿杀郭太后，主要原因有以下几点：
1. 保全皇族威信。曹操在世时设下储君制度，让曹丕继位为魏国皇帝。而曹丕去世后，世子曹睿继位。如果曹睿杀了自己的祖母郭太后，就会让外界产生对整个皇族的质疑，进而削弱皇族之间的威信，甚至引发动乱。
2.维护朝廷稳定。如果曹睿暴力杀死郭太后，不仅会引起地方官员和百姓的不满，而且可能会引起宫中派系之间的争端和不稳定，对于朝廷的稳定不利。司马懿当时担任丞相，对于维护朝廷稳定也有责任。
3. 郭太后为曹丕的生母。郭太后是曹丕的生母，曹睿的祖母、太后。司马懿在心中一定也希望保全曹魏这个大家庭，不想看到内部发生争端、火药味十足的局面发生。
考虑到这些重要因素，司马懿决定阻止曹睿杀郭太后。
电视剧里郭皇后比较善良 抚养曹睿长大 又是自己小姨子